Heinabergsjökull er vestan við Fláajökul. Vatn undan jöklinum rennur til vesturs í Kolgrímu. Í upphafi 20. aldar var Heinabergsjökull það stór að hann sameinaðist Skálafellsjökli fyrir framan Hafrafell. Þá runnu Heinabergsvötn ýmist í Kolgrímu til vesturs eða í Hólmsá til austurs en einnig var vitað til þess að vatnið rynni í báðar árnar. Eftir 1950 rennur þó vatn undan Heinabergsjökli alfarið í Kolgrímu.
Heinabergsjökull stíflar reglulega mynni Vatnsdals og þar verður til jökulstíflað vatn. Á meðan að Heinabergsjökull var sem þykkastur urðu hlaupin úr Vatnsdal mikil og höfðu mikil áhrif á landið þar sem þau eyddu gróðri á stórum svæðum. Eftir því sem jökullinn minnkaði færðust hlaupin fyrr fram á sumarið og hafa hlaupin haldið sig í farvegi Kolgrímu.
Heinabergsjökull gengur fram í lón og hefur ýmist verið að ganga fram eða hopa samkvæmt mælingum. Breytingar eru þó sýnilegar, einkum nyrst í lóninu þar sem lónið hefur verið að teygja sig sífellt lengra inn með landinu. Þá hefur jökullinn greinilega þynnst og þá sérstaklega austast.
Heinabergsjökull hefur verið mældur árlega af nemendum FAS frá árinu 2001.